Анатолий Королев родился в 1949 году в Ленинграде. Учился в музыкальной школе при консерватории, затем на дирижерском факультете консерватории. К систематическим занятиям композицией приступил в студенческие годы. Несколько лет занимался факультативно у В.В.Пушкова. В 1975 году окончил композиторское отделение консерватории по классу В.И. Цытовича, а, затем аспирантуру под руководством Б.А. Арапова. Член Союза композиторов,
профессор Санкт-Петербургской консерватории по кафедре инструментовки и художественный руководитель музыкально-компьютерной лаборатории консерватории. Заслуженный деятель искусств России.
Среди исполнителей музыки Анатолия Королева: оркестр Санкт-Петербургской филармонии, Санкт-Петербургский государственный оркестр, Санкт-Петербургский камерный хор, eNsemble Института Pro Arte, дирижеры Юрий Темирканов, Николай Алексеев, Василий Синайский, Александр Титов, Александр Дмитриев, Федор Леднев, солисты Ирина Андрякова (сопрано), Тарас Трепель (виолончель), Лидия Коваленко (скрипка), Галина Сандовская (ф-но), Джеффри Джейкоб (ф-но).
Регулярно сотрудничает с Петербургским фондом современного искусства Институтом Pro Arte. Участвовал в первых, вторых, Пифийских играх, организованных Институтом Pro Arte. В 2002, 2003, - победитель в номинациях «Война с поэзией», Pas de Mythe. Несколько сочинений написаны специально для eNsemble Pro Arte.
В 2005 фирма "Мелодия" и Институт Pro Arte выпустили авторский CD Анатолия Королева Чтение – первый CD из серии «Новая русская музыка». Постоянный участник фестивалей современной музыки Музыкальная весна, «Звуковые пути», «От авангарда до наших дней» и др.